Il faut distinguer deux choses : l'obligation de facturation électronique et le droit à déduction de la TVA.
1. Le PDF n'est plus la solution pour le B2B concerné
Depuis le 1er janvier 2026, les entreprises belges assujetties à la TVA doivent, pour les opérations B2B entrant dans le champ de l'obligation, être capables d'émettre et de recevoir des factures électroniques structurées.
Concrètement, il ne s'agit pas simplement d'envoyer une facture PDF par e-mail.
La facture structurée est conçue pour être lue directement par les logiciels comptables et de facturation et circule notamment via le réseau Peppol.
Le changement est donc beaucoup plus profond qu'un simple changement de format. On passe progressivement :
- PDF → lecture humaine → encodage → contrôle
- à données structurées → transmission → traitement automatique → contrôle.
Et c'est précisément là que se trouve une grande partie de l'intérêt de la réforme.
L'idée clé : une facture PDF n'est pas une facture électronique structurée. L'obligation porte sur un format lisible par les logiciels, pas sur un document destiné à l'œil humain.
2. « Mon client n'est pas connecté à Peppol » : ce n'est pas une solution
Une situation revient souvent :
« Mon client n'est pas encore connecté, donc je lui envoie un PDF. »
Le fait que votre client ou votre fournisseur ne soit pas en ordre ne fait pas disparaître l'obligation.
L'entreprise doit disposer des moyens techniques permettant d'émettre et de recevoir les factures électroniques structurées lorsque l'obligation s'applique.
Le SPF Finances prévoit d'ailleurs désormais une sanction spécifique lorsque l'entreprise ne dispose pas de ces moyens techniques :
- 1.500 € pour la première infraction ;
- 3.000 € pour la deuxième ;
- 5.000 € pour les suivantes.
Une nouvelle infraction ne peut toutefois être constatée comme deuxième ou suivante qu'après un délai d'au moins trois mois suivant le constat précédent.
Autrement dit : « Je ne suis pas connecté à Peppol » n'est plus simplement un problème informatique. C'est devenu un sujet de conformité.
3. Mais alors, une facture PDF fait-elle perdre automatiquement la TVA ?
C'est ici que les choses deviennent plus intéressantes.
Le principe est clair : pour exercer le droit à déduction de la TVA sur une opération B2B soumise à l'obligation, l'assujetti doit normalement disposer d'une facture régulière et, lorsque l'obligation s'applique, d'une facture électronique structurée.
Mais cela ne signifie pas :
« PDF = automatiquement zéro TVA déductible. »
Le droit européen de la TVA repose notamment sur le principe de « substance over form ».
Le SPF Finances précise ainsi qu'une exception peut être admise lorsque les conditions matérielles permettant la déduction sont effectivement remplies.
Autrement dit, l'administration ne peut pas simplement ignorer la réalité économique d'une opération uniquement parce qu'un élément formel n'a pas été respecté, lorsque les conditions substantielles du droit à déduction sont remplies.
Cela ne signifie évidemment pas qu'il faut continuer à travailler en PDF.
Distinction essentielle : la tolérance sur les conséquences fiscales d'une situation particulière ne transforme pas une facture PDF en facture conforme aux nouvelles obligations. Obligation de format et droit à déduction restent deux questions distinctes.
4. Le vrai risque pour l'entreprise n'est donc pas uniquement la TVA
Lorsqu'un dirigeant entend parler de Peppol, il pense souvent :
« Encore une obligation administrative. »
C'est compréhensible.
Mais la facturation électronique est en réalité en train de modifier progressivement toute la chaîne administrative de l'entreprise.
Une facture structurée permet notamment :
- d'éviter une partie de l'encodage manuel ;
- de réduire les erreurs de retranscription ;
- d'automatiser certains contrôles ;
- de faciliter le rapprochement avec les paiements ;
- de centraliser les factures entrantes et sortantes ;
- d'améliorer le suivi des créances ;
- et, à terme, d'alimenter davantage les systèmes de reporting fiscal.
Le gouvernement belge prépare d'ailleurs déjà l'étape suivante : un système de rapportage électronique de certaines données de facturation, dans le prolongement de l'e-facturation. Un avant-projet a été approuvé en juillet 2026.
La direction est donc assez claire : la facture n'est plus seulement un document. Elle devient une donnée.
5. Et pour le dirigeant, qu'est-ce qu'il faut vérifier aujourd'hui ?
Si votre entreprise est concernée par l'obligation, nous vous conseillons de vérifier cinq éléments.
1. Pouvez-vous recevoir une facture structurée ?
Ce point est souvent oublié.
Il ne suffit pas de pouvoir envoyer des factures via Peppol. Votre entreprise doit également être capable de recevoir les factures structurées.
2. Votre logiciel de facturation est-il réellement compatible ?
Une facture PDF générée par un logiciel n'est pas automatiquement une facture électronique structurée.
Il faut vérifier la capacité du système à gérer le format requis et la transmission via le réseau approprié.
3. Vos fournisseurs sont-ils prêts ?
Votre entreprise peut être parfaitement équipée et continuer à recevoir des documents par d'autres canaux.
Il faut donc également vérifier vos processus internes de réception et de traitement.
4. Vos factures sont-elles correctement archivées ?
L'obligation de facturation électronique ne supprime évidemment pas les obligations de conservation.
Le SPF Finances rappelle notamment que les factures doivent en principe être conservées pendant sept ans à compter du 1er janvier de l'année suivant leur émission, avec des durées plus longues dans certaines situations particulières.
5. Votre équipe sait-elle quoi faire d'une facture reçue ?
C'est probablement le point le plus sous-estimé.
Changer de logiciel sans changer les habitudes de travail ne produit qu'une partie du bénéfice attendu.
6. Le bon réflexe : ne pas subir Peppol, l'utiliser
La question à se poser n'est finalement pas uniquement :
« Comment éviter une amende ? »
La vraie question est :
« Comment profiter de cette obligation pour supprimer une partie de notre travail administratif ? »
Une facture qui arrive directement dans le système comptable, avec les informations structurées, peut permettre de réduire considérablement les manipulations humaines.
Et plus l'entreprise traite de factures, plus cet enjeu devient intéressant.
Pour une société qui reçoit 20 factures par mois, le gain peut sembler limité.
Pour une entreprise qui en reçoit plusieurs centaines, la différence peut rapidement devenir significative.
7. Et demain ?
L'e-facturation n'est probablement que la première étape.
La Belgique avance déjà vers davantage de digitalisation et de transmission automatisée des données de facturation à l'administration. Le Conseil des ministres a approuvé en juillet 2026 un avant-projet prévoyant un système de rapportage électronique de certaines données de facturation.
Le SPF Finances doit par ailleurs reprendre en 2027 le rôle d'autorité Peppol belge, notamment dans un contexte où le réseau devient encore plus stratégique avec le développement de l'e-reporting.
Il serait donc assez risqué de considérer l'e-facturation comme une simple obligation ponctuelle liée à 2026.
C'est une transformation plus profonde de la manière dont les entreprises vont gérer leurs données financières.
Ce qu'il faut retenir
- Oui, l'e-facturation structurée est désormais une obligation pour les opérations B2B concernées.
- Non, un simple PDF ne permet plus de satisfaire à cette obligation lorsqu'elle s'applique.
- Oui, des sanctions spécifiques existent si l'entreprise ne dispose pas des moyens techniques nécessaires.
- Mais non, une facture non conforme ne signifie pas automatiquement que toute TVA disparaît : le droit à déduction doit être analysé au regard des conditions applicables et, dans certaines situations, du principe de « substance over form ».
Notre conseil est donc simple : ne cherchez pas uniquement à être en ordre avec Peppol. Profitez-en pour revoir votre chaîne de facturation dans son ensemble.
Une obligation réglementaire peut être une contrainte.
Mais lorsqu'elle permet de supprimer de l'encodage, des contrôles manuels et des tâches administratives répétitives, elle peut aussi devenir un véritable outil de productivité pour l'entreprise.
Votre entreprise est-elle réellement prête pour l'e-facturation ?
Chez Fiscality Consult, nous privilégions une approche pratique : vérifier votre situation actuelle, identifier ce qui doit réellement être adapté et éviter de multiplier les outils ou les coûts inutiles. Contactez-nous pour faire le point.
Faire le pointAvertissement : cet article est publié à titre informatif général sur la base du droit applicable au moment de la rédaction (août 2026). Il ne constitue ni un conseil fiscal, ni un conseil juridique, ni un conseil comptable personnalisé. Chaque situation a ses particularités : les règles, seuils, sanctions et formats techniques évoqués peuvent évoluer. Avant toute décision, consultez votre expert-comptable ou contactez Fiscality Consult SRL pour une analyse adaptée à votre activité spécifique.
